Hans-Wenninger und viele Mitglieder des TSV Königsbrunn fassten 1995 den Entschluss den FC Königsbrunn e.V. zu gründen. Die eingefleischten Fußballer wollten sich aus der Breitensportorientierung des TSV Königsbrunn lösen und durch einen ambitionierten Amateurfußball Erfolge feiern und zu einer Spitzenkraft im Fußball im Landkreis Augsburg werden. Eine Speisekarte des ehemaligen Restaurants Pavillon an der neuen Sportanlage diente als Papier für diesen Gründungsbeschluss und nach einigen Verhandlungen mit dem Ur-Verein wurde am 13.03.1996 der FC Königsbrunn e.V. – die LION KINGS – gegründet. Ca. 420 Mitglieder in vier Senioren und 12 Jugendmannschaften traten die Reise in eine neue Zukunft an.
Zu diesem Zeitpunkt war Hans Wenninger bereits 50 Jahre als Spieler und dann als Förderer des Fußballs in der Brunnenstadt tätig. Für den neu gegründeten FC Königsbrunn e. V. war Hans Wenninger ein besonderer Spielleiter, zugleich Schriftführer und Pressewart. Zu Ehren für sein geleistetes Engagement wurde das Stadion an der Karwendelstraße im Jahr 2000 in Hans-Wenninger-Stadion umbenannt, das nunmehr die Heimat des FC Königsbrunn e.V. war. Der Verein wuchs rasant und zählte bereits im Jahr 1998 zahlreiche Jugendmannschaften in allen Altersklassen von A bis G. Der Zuspruch war enorm. Bei einem Heimspiel gegen den TSV Schwabmünchen kamen 600 Zuschauer ins Stadion. In der Saison 2000/2001 war der FC Königsbrunn mit seinen Jugendmannschaften der A, B und C Jugend bereits jeweils Meister in der Bezirksoberliga. Die A-Junioren stiegen in die Bayernliga auf, die B-Junioren wurden Südbayerischer Meister und die C1-Junioren errangen bei einem Turnier den Sieg über den französischen Traditionsverein Paris Saint Germain und wurden 2. der Landesliga Süd. Die konsequente Ausbildungsarbeit lizensierter Trainer in allen Altersklassen machte den FC Königsbrunn zum Seriensieger in den verschieden Ligen bzw. bei den Turnieren der verschiedenen Altersklassen. Heute wie damals werden unsere Jugendspieler, wie 2000 z.B. unser C-Jugendspieler Holzhammer für die großen Vereine attraktiv und wechseln regelmäßig zum großen FC Bayern oder zum FC Augsburg. Ein Kompliment für die gute Ausbildung der jungen Fußballer beim FC Königsbrunn – und das alles ohne Jugendleistungszentrum in der Hinterhand.
Nach Joachim Hansel übernahm Wolfgang Baum im Jahr 2000 das Amt des 1. Vorstands und leitete fortan die Geschicke des Vereins. Dabei hatte er auch gleich eine große Aufgabe vor sich, denn er musste den Ausstieg des bisherigen Hauptsponsors mitten in der Saison verkraften und managen. In 2001 wurde das zukünftige Gelände an der Benzstraße 2 angelegt und bereits in diesem Jahr wurden die Kunstrasenplätze am Hans-Wenninger-Stadion fertig gestellt.
Ein Bauantrag für das Vereinsheim wurde gestellt, was sich schwierig darstellte, da der BLSV die zugesagte Förderung nicht bringen konnte. Die Stadt Königsbrunn sprang in die Finanzierung mit ein. Im Jahr 2003 erfolgte der Spatenstich an der Benzstraße und 2005 übergab die Stadt Königsbrunn die Schlüssel für das Vereinsheim an den Verein. Der FC Königsbrunn e.V. hatte nun sein eigenes Zuhause.
Sportlich gesehen waren die Jahre 2001 bis 2005 erfolgreich. Unter anderem spielte die 1. Mannschaft in der Landesliga Süd und die B-Jugend stieg in die Bayernliga auf. Finanziell war der Verein zu dieser Zeit aber in keiner guten Lage. Xaver Schmid, bis heute Mitglied des Vereins sagte:
„Wir gehen nicht pleite!“ und übernahm aus eigener Tasche die Spielergehälter. Im Dezember 2005 übernahmen Manfred Gagstetter und Josef Misof die Führung des Vereins. Manfred Gagstetter war bereits maßgeblich beim Neubau des Vereinsheims beteiligt, indem er Mitarbeiter seiner Firma für den Rohbau des Vereinsheims abstellte, um die Kosten des Neubaus für den Verein zu verringern.
Im Juni 2006 führte der FC Königsbrunn ein großes Sportfest an der Anlage an der Benzstraße zum 10-jährigen Bestehen des FC Königsbrunn durch. An diesen zwei Tagen kamen über 2000 Menschen auf die Anlage, um mit dem FC Königsbrunn zu feiern.
Es folgten ruhige Jahre für den Verein, inzwischen mit drei Aktiven und 14 Jugendmannschaften in verschiedenen Ligen. Im Jugendbereich konnten nach wie vor schöne Erfolge und Meisterschaften eingefahren werden, jedoch konnten an die Erfolge im Seniorenbereich nicht mehr ganz angeknüpft werden. Seit Mai 2012 ist die 1. Mannschaft in der „Ewigen“ Bestenliste der Landesliga vertreten.
2012 übernahm dann Ralph Hufschmied den 1. Vorstand des Vereins, um den FC Königsbrunn e.V. aus seiner bisher tiefsten Krise heraus zu führen. Der Verein war in finanzielle Schieflage geraten. Mit Unterstützung der Mitglieder und Gönner konnte das Aus für den Verein abgebogen werden. Heute steht der Verein auf gesunden finanziellen Füßen, der jährlich von einer unabhängigen Wirtschaftsprüfungsgesellschaft geprüft wird.
Die Konsequenz war allerdings der Abstieg der 1. Mannschaft von der Landesliga Süd in die Bezirksliga Süd. Um der finanziellen Situation gerecht zu werden, setzen wir seit 2012 auch im Herrenbereich auf die eigene Jugend. Die Jugendmannschaften fuhren dagegen einen Sieg nach dem anderen ein. 2013 spielte die B-Jugend in der Landesliga Süd und die C-Jugend schaffte sogar den Sprung in die Bayernliga.
Heute verfügt der FC Königsbrunn e.V. über drei aktive Mannschaften und 14 Mannschaften im Junioren und Juniorinnen Bereich, somit über knapp 400 Mitglieder. Der Verein hat zudem ein Konzept für den Mädchenfußball erarbeitet, um auch den Mädchen den Zugang zum Fußball zu ermöglichen.
Ein Spitzenteam an lizensierten Trainern und eine aufopferungsvoll arbeitende Helfergemeinde sichern dem FC Königsbrunn e.V. weiter die Möglichkeit ambitionierten, leistungsorientierten Amateurfußball zu spielen – mit der Hoffnung in naher Zukunft alle Mannschaften an der Benzstraße vereint zu sehen, eine Vision die hoffentlich nicht erst in 175 Jahren Wirklichkeit wird.